伊斯兰教：
柯尔克孜族从世居的叶尼赛河和鄂尔浑上游从公元10世纪至18世纪陆续迁徙到天山及中亚地区之后才逐渐开始信仰伊斯兰教。柯尔克孜族信仰的伊斯兰是该教逊尼派的哈纳菲派。伊斯兰教的宗教活动场所主要是礼拜寺，但礼拜寺多建在城镇农区，牧区较少。柯尔克孜族大多生活在牧区，长期处于迁徙奔波之中，人口分散，对伊斯兰教规定的“五功”，即“拜功”、“念功”、“课功”、“斋功”、“朝功”并不能完全做到。但是，他们和其他穆斯林教徒一样，信真主、信圣人、信《古兰经》、信天使、信复活。其中，信仰真主是其核心内容，认为真主独一无二，永生不死。他无所在而无所不在，创造一切、化育一切、主宰一切。《古兰经》是真主的圣言。圣人穆罕默德是真主派到人间的使者。总之，柯尔克孜族由于生活环境的影响，除了一部分毛勒多之外，一般人每天只做几次祷告礼，封斋时也只在斋月初和月未象征性地封几天斋，人们只在自己的阿依勒或家里作主麻礼(礼拜日礼)。伊斯兰教传统的肉孜节(开斋节)和古尔邦节(宰性节)也吸收了柯尔克孜传统文化的内容，在庆祝活动中融入了浓厚的民族持色。婚葬嫁娶时要按伊斯兰教规定的礼仪进行。比如说新郎新娘结婚时要请毛勒多念“尼卡”征婚，送葬时要念诵《古兰经》文并在死者去世后的7天、40天、周年进行隆重的纪念祭奠。宰杀性畜、招待客人，把死者的遗物分赠给老弱病残、孤儿寡母，以此达到安抚亡灵，免遭灵魂的侵拢。柯尔克孜族死者周年的祭典十分隆重，早在伊斯兰教传入之前就是一项重大的祭典活动并在口传的史诗中有大量的描述。在伊斯兰教传入后，这项祭典活动虽融合了一定的伊斯兰教色彩，但传统的民间娱乐性则长盛不衰。
17-18世纪，当柯尔克孜族的主体完全西迁到天上和帕米尔地区之后，伊斯兰教才成了全民宗教。当然，伊斯兰教最初在柯尔克孜族中的传播至少要早数百年。沙伊费写于1582年（明万历十年）的突厥文手稿说：柯尔克孜和“蒙古人同种，没有王，只有被称作哈什哈的伯克。他们既非异教徒，也非穆斯林；住在陡峭的有通道的高山中。76从这一点看，16世纪的柯尔克孜族对伊斯兰教至少是比较陌生的。当然，这一时期也有少数柯尔克孜封建上层人物信仰了伊斯兰教。《拉失德史》的作者米儿咱·马黑麻·海答儿提到一个名叫马黑麻·吉利吉思的柯尔克孜族酋长，此人在1514年曾帮助塞义德汗征服喀什噶尔。77从名字就不难看出这个酋长是个穆斯林，至少他为自己取了个伊斯兰教的名字。根据16世纪从费尔干纳及周边地区到柯尔克孜聚居草原山区游历的穆斯林圣徒们的观点，柯尔克孜族在当时仍然处于多神教和偶像崇拜社会。这种状况直到18世纪初期当柯尔克孜族部落受卡尔梅克人的驱赶向南迁移，并与中亚的费尔干纳、布哈拉、以及喀什葛尔地区的居民开始进行频繁交往以后才开始有实质性的转变。正是在这一时期，柯尔克孜上层贵族“玛纳普”才开始大量皈依伊斯兰教。也就是说，从16世纪后半叶柯尔克孜族才逐渐开始信仰伊斯兰教，而到了17世纪末、18世纪初伊斯兰教才成为柯尔克孜的全民宗教。至少在10世纪以后，居住在天山南部的一部分柯尔克孜族人已经成为穆斯林。
到了17-18世纪时，柯尔克孜族主体基本上完成了从叶尼塞河向中亚地区的迁徙之后，伊斯兰教才开始真正成为全民宗教。但是，即使信仰了伊斯兰教，在柯尔克孜族的意识中，萨满教的影响依然十分深厚。实际上，柯尔克孜族今天所信仰的伊斯兰教应该说是一种即具有鲜明的伊斯兰教特征，又保存古老萨满文化因素的，具有柯尔克孜族本民族特点的伊斯兰教。这一点，无论是在他们的日常生活方式上，还是在民间民俗文化和禁忌上都有所表现。在18世纪之前这一漫长的历史时期中，万物有灵观、自然崇拜、祖先崇拜、动植物崇拜和图腾崇拜等孕育于萨满文化的民间信仰始终占居着柯尔克孜人民的信仰的主导地位。“萨满教世界观支配着人们的思想和行动，萨满教观念渗透到柯尔克孜族社会生活的各个方面。柯尔克孜人的生产生活、伦理道德、民风民俗、文学艺术均与萨满教世界观交融于一体，形成别具特色的柯尔克孜的萨满文化。78”
柯尔克孜族信仰伊斯兰教逊尼派中的哈纳菲派。伊斯兰教活动场所在城镇中主要在礼拜寺，但礼拜寺大多建在人口集中的城镇或农村，牧区人员分散，极少有礼拜寺。因为没有清真寺，那些比较虔诚的伊斯兰教徒如果是在山区牧场，或是在放牧途中，则会把大衣铺到草地上，随处都能做礼拜。按照伊斯兰教教义，伊斯兰教徒要完成“五功”。这五功分别是“念功”、“拜功”、“课功”、“斋功”和“朝功”。所谓“念功”就是，信仰唯一真主安拉和其天使，时时不忘怀念真主。“拜功”指的是做礼拜，个人坚持日拜五次，聚拜每周一次，是在星期五主麻日到礼拜寺集体进行。“课功”是缴纳宗教税或施舍穷人。“斋功”是在斋月内白天禁食。“朝功”即到麦加朝觐。每一个穆斯林无论性别，只要身体健康，旅途安全，一生中至少要到麦加朝圣一次。事实上，对这五功，在当代柯尔克孜族教徒中，除了一些老年人之外，很少有人能够做到。柯尔克孜族穆斯林的宗教活动有自己的特点，主要表现在神职人员阿訇只动员人们去做乃玛孜，至于人们是否去做乃玛孜则听从人们自己的意愿，阿訇不会强迫或惩办。阿訇的地位也不是很高。牧区的人们敬畏的是世俗的德高望重的老年长者阿克萨卡勒（白胡子老人），而不是宗教界的阿訇。
喇嘛教：
居住在新疆北部额敏县的少量柯尔克孜人由于周围特殊的人文环境，在长期封闭的状态下受周边蒙古等民族的影响而信仰喇嘛教，人们有婚葬大事要请喇嘛念经。黑龙江富裕县的柯尔克族人除沿袭传统的萨满教外，也信喇嘛教，供奉各种佛。
藏传佛教对柯尔克孜族的信仰世界和社会生活之影响也是十分有趣。藏传佛教又称喇嘛教。柯尔克孜族，当然不是全体而是一部分，信仰喇嘛教。额敏等地的柯尔克孜族由于长期以蒙古为邻，其喇嘛教信仰一直延续至今。据文献记载，公元16世纪，喇嘛教从西藏传入西蒙古（厄鲁特）。当时，原游牧于阿尔泰山和准格尔盆地的一些柯尔克孜部落被厄鲁特奴役，成为他们的属民。额敏县的柯尔克孜族人很可能是在这个时期开始信奉喇嘛教。80额敏县的柯尔克孜族信仰的喇嘛教，主要表现在婚姻、丧葬和其他礼俗方面。订婚是要请喇嘛测算男女八字是否相合或相克，在认门、婚礼、认亲等大小仪式上，都要请喇嘛念经，祭天拜佛。当然，他们在信奉喇嘛教的同时，还保存着古老的腾格里信仰。在举行生日、命名、洗礼等仪式时邀请喇嘛念经，在治病或求子时请喇嘛念经的同时，还邀请“喀木”（萨满）或巴克西（巫师）跳神做法。
黑龙江富裕县的柯尔克孜族没有信奉过伊斯兰教。81他们至今人除了仍然信奉古老的原始宗教、萨满教之外还信奉喇嘛教。祖先崇拜在黑龙江柯尔克孜族中包含两个方面的内容。一是对死者的厚葬和祭祀；另一个则是对所有先祖的尊拜。按照万物有灵、灵魂不死的观点，为了让死者在另一个世界上过上富足的生活，要在男性死人的嘴里放入银币、铜钱，在女性死者嘴里放入珊瑚、珠子等物并举行隆重的葬礼，以烧酒、点心、公鸡、奶油、奶干等食物上供，并且将死者生前所使用的碗筷、烟袋、火镰、小刀等物品随葬。葬后三天、七天、百天、周年时烧香上供。亡灵被认为是家里的保护神。祖宗神“吉雅其”的标志是一个拴着红布的箭杆，被放在房屋的四角进行祭拜。从马群中挑出一匹马作为神马。神马被称为“鄂孜拉”，是祖先的坐骑。姓氏不同，神马的颜色也有所不同。比如常姓的神马为青花马，韩姓的神马为兔红色马，吴姓是枣红马。这种神马与其他牲畜一起放养，人们相信神马能够保护牲畜平安。祭祖时，要将神马牵入屋内，将新鲜牛奶盛在小酒盅里放在马的后鞧上，不许任何人碰倒。没有马的人家甚至还可以在一块木板上画上一匹马，挂上红布祭祖。除此之外，富裕县柯尔克孜族还有祭敖包，祭场院，祭北斗星等习俗，而且还崇拜蛇神、狐仙和动植物崇拜。他们的喇嘛教已经和古老的萨满教融为一体，形成了自己独特的宗教信仰世界。
宗教禁忌：
与民间宗教、图腾崇拜有关的禁忌应该属于前伊斯兰教时期。柯尔克孜族除了信仰伊斯兰教、萨满教之外，还有图腾崇拜、自然崇拜的观念，对自然界中的各种事物如：天、地、山、水、气、火等自然物以及柳、松、柏、沙棘，骆驼、蛇、虎、猫、喜鹊、鹰等动植物都加以崇拜。在所有这些古老信仰的影响下，在日常生活中产生了很多民间禁忌和相关习俗。民间禁忌是在民间信仰的基础上产生的，是民间信仰不可或缺的重要内容。在柯尔克孜族日常生活中，有很多古老的禁忌到目前为止尚没有消亡，至今在民间广为流传。
按照萨满教的万物有灵观念，牲畜染病后，人们往往将染病的牲畜驱赶到神圣的独树底下过夜，以此驱病除邪，禁止砍伐单独生长的青柳、红柳、沙棘，并将柏树枝或者沙棘枝夹在毡房门框边的栅栏上，认为这样能够驱邪避鬼。或者用松枝沤油，使浓烟飘绕在屋内，祛病驱邪，防止病魔侵扰。
家人出远门归来，病人康复时，家中女主人要端来一碗水，口念咒语，在归来者或康复者头上绕三圈，再让他往碗里吐一口吐沫，然后将水泼向来者归来的路上以此驱除附在出门人身上的邪气，避免邪气和鬼魂跟着归来者进入家中。
家人患病，生命垂危之时，家人亲属要宰杀一只黄色山羊祭天，并将其肉一块块地分开，分给邻居穷人。把一块一米见长的白色纱布挂到病人的脖子上，祈求天神和真主保佑。祈祷完之后，要顺时针方向绕着毡房跑三圈，每天反复，连续数日，直到患者康复。患者康复之后，再将白纱布浸入油中焚烧。
如果有人梦见死者，被认为是死者的灵魂饥饿，返回到世间寻求帮助。如果这样，做梦者就需要端出一碗清水向祈祷上天和真主，祈祷完之后把水洒到净洁的地方，让死者灵魂安息，免受饥渴之痛。通过这种献水方式能够让饥饿的灵魂得到安宁。
柯尔克孜族认为星期四、星期六两天是死者的灵魂前往圣地麦加朝圣的日子。这两天人们会梦见幽灵们前来讨取朝圣途中所需的之饮料和食物。因此，在这两天人们要架锅烧火、生烟，并油炸七个或九个数的油饼。不能炸偶数。认为这会给人带来不吉利。如果在野外或其他没有条件的地方和时间，则可在干净的石板、铁锨上放数个火炭，并在火炭上滴数滴油，让火炭冒出烟来代替。
为了求得病后身体康复，患者将一些从来没被人挪动过的石头翻开，让其底朝天暴露在阳光下，让阳光照射石头的背面。这样可以让自己刚刚恢复健康的身体再一次受到病魔的侵袭。家中若有人患有癫痫病，尤其如果是小孩子患有癫痫症，家里人要以患者的名义找一只公山羊羔，将其放生。放生前先要让山羊羔逆时针方向绕着患者绕三圈，然后将其拴绑到患者身边，让其陪伴，直到患者康复为止。在绕患者转圈时，如果山羊羔打喷嚏或小便则被认为是吉祥，病人将很快从疾病中康复。要放生的山羊羔决不可转卖他人或送给亲戚邻居，也不能为其剪毛，必须在患者病愈后放归到大自然中。人们认为这样会使疾病随之而去，永远不会回来。
每当新月出现时，要面朝月亮作祈祷，到了晚上不能把身体裸露在星月下；禁面朝太阳和月亮大小便；两人立定盟约时要向天或太阳起誓；诅咒时，在咒语中要提及天和太阳；旧毡帽要放入火中烧成灰，不能随处扔掉；禁止在湖岸河边大小便。到了荒年，要到湖畔、河边挖灶点火烧饭举行祭拜和祈祷。听到春天第一声雷鸣时，要举行求雨仪式。视3、7、9、40等数字为神圣数字。禁逢9日外出、结婚。人死后，要往火塘里添油、祈祷死者亡灵并杀掉死者生前的坐骑做牺牲。崇白、爱红、戒黄、忌黑。禁踩食盐和谷物，禁晚上从家里往外拿东西，特别是奶，面粉等白色物；禁傍晚睡觉；忌跨越餐布、毛绳、特别是黑白相间的花毛绳。
