1966年5月16日
中共中央政治局扩大会议通过《中国共产党中央委员会通知》（即“五一六”通知）。
1966年5月20日
自治州直属和阿图什县直属机关干部﹑职工﹑家属及驻军举行大会，州党委会书记作《立即投入战斗，坚决打退反党﹑反毛泽东思想﹑反社会主义分子的猖狂进攻》的动员报告，拉开自治州“文化大革命”的序幕。
1966年6月29日
自治州成立“文化大革命”7人领导小组。
1966年8月25日
自治州红卫兵总队成立，在阿图什开展所谓破“四旧”（旧思想﹑旧文化﹑旧风俗﹑旧习惯），立四新（新思想﹑新文化﹑新风俗﹑新习惯）活动。
1967年1月26日
自治州交通局一派群众组织与介入地方“支左”的克孜勒苏军分区部分指战员发生冲突，南疆军区军法处同意，将军分区司令员﹑政委等6名领导关人监狱，制造了严重的“一二六”事件。
1967年1月31日
群众组织夺了州委﹑州人委的权，自治州党政机关彻底瘫痪。
1968年8月10日
自治州公检法军管会捕风捉影，通过非法的逼供手段制造出所谓“帕米尔前进联盟外逃集团”案，并以案情重大，涉及面广为理由，在全州组织办案力量细查深挖。此案前后3年，牵连数百人。
1969年5月25日
克孜勒苏柯尔克孜自治州革命委员会成立。之后在全州范围内开展“斗﹑批﹑改”运动，清理阶级队伍，“一打三反”（打击反革命破坏活动，反对贪污盗窃﹑反对投机倒把﹑反对铺张浪费）为主的“对敌斗争”。
1969年冬
根据自治区革委会《关于在牧区划分阶级成分的规定（草案）》，开始在乌恰﹑阿合奇县及阿图什﹑阿克陶部分牧区公社划分阶级成分。
1972年7月
自治州卫生学校成立
1972年10月10日
自治州党委开展“批林整风”﹑“批林批孔”运动。
1973年8月
自治州公安局侦破一起“东突厥斯坦共和国”反革命集团案。
1974年4月
自治州科学技术委员会成立。
1974年8月29日-9月3日
自治州成立20周年庆祝大会在阿图什召开。
1976年3月
自治州党委召开“反击右倾翻案风”大会。
1976年7月28日
自治州森林普查工作开始。普查结果，全州森林覆盖率只有0.1%。
1977年
阿克陶县划归喀什专区；同时，喀什专区的伽师县划归克州。
1978年4月19日
自治州“揭批查”办公室成立。
1978年5月5日
自治州落实政策小组成立。
1979年4月15日
自治州恢复使用柯尔克孜文，恢复自治州语言文字工作委员会。
1979年7月1日
《克孜勒苏报》恢复柯尔克孜文版，同时要求柯尔克孜族中小学使用柯尔克孜文教学。
1979年6月1﹑1日
自治州委召开党政军民大会，公开彻底为“帕米尔前进联盟叛国外逃集团”案平反昭雪。
1979年10月31日
自治州文字改革委员会成立。
1979年12月21日
自治州首次民间艺人弹唱会在阿图什召开，七十多名民间歌手参加了会议。
1979年12月25日
自治州党委扩大会议决定，从1980年起，把全州工作重点转移到经济建设上来。
1979年
自治州文字改革办公室和文教局合编初中﹑小学柯尔克孜语语法课本﹑柯尔克孜字母表﹑柯尔克孜文扫盲课本﹑柯尔克孜文正字法﹑汉柯尔克孜文字对照﹑柯尔克孜文名词术语等教材。
1980年
在全州农区推行联产承包责任制。牧区实行“五定一奖”（定劳动﹑定畜群﹑定畜群成活率﹑订幼畜群成活率，定畜产品产量；“一奖”指超产奖励）责任制。
阿克陶县重新划归克州，伽师县同时划归喀什专区。
1980年1月
中国民间文艺研究会﹑中央民族学院﹑新疆文联和自治州有关部门组成柯尔克孜民间史诗《玛纳斯》工作组。
1980年6月27-29日
阿图什发生打砸抢事件。
1980年12月24日
自治州第一所专门招收柯尔克孜族学生，并用柯尔克孜语授课的学校，克州第三中学成立，附设小学部。
1981年3月23日
自治州民族宗教事务所成立。
1981年7月10日
自治州民族宗教事务所改为民族事务委员会。
1982年4月26日
经文化部、新疆维吾尔自治区人民政府批准，以出版柯尔克孜文图书为主的克孜勒苏人民出版社成立。
1982年
自治州柯尔克孜语转播台建立；自治州电视台建成试播；天山电影制片厂在自治州筹拍第一部柯尔克孜族题材的故事片《冰山脚下》。
1983年4月
自治州文工团50人参加全国巡回演出，先后在广西﹑湖南﹑河南﹑湖北﹑北京等地演出73场，观众达14.6万人。
1983年7月29日
吐尔尕特口岸管理委员会成立。
1983年10月1日
8108柯尔克孜语转播台正式使用，该工程1982年7月动工，1983年9月竣工，投资68.8万元。
1983年12月23日
中苏在吐尔尕特口岸举行交接货物仪式。
1884年6月9日
新疆伊犁哈萨克自治州特克斯县成立阔克特热克柯尔克孜民族乡。
1884年6月
新疆阿克苏地区温宿县成立包孜东柯尔克孜民族乡，后改为博孜墩柯尔克孜民族乡。
1984年9月15日
新疆和田地区皮山县成立康克尔柯尔克孜民族乡。
1984年10月5日
自治区1984年中国式摔跤运动会在自治州首府阿图什举办。
1984年10月5日
自治州少数民族古籍搜索﹑整理﹑出版规划领导小组成立。
1984年10月
全州实行政社分开，各人民公社均改为乡﹑镇。
1984年11月8日
新疆伊犁哈萨克自治州昭苏县成立琼木扎特英额艾热克柯尔克孜民族乡，后改为夏特柯尔克孜民族乡。
1984年12月10日
自治州党委召开常委扩大会议，贯彻《中央中共关于经济体制改革的决定》，加快城市经济体制改革的步伐，在国有企业中实行“利改税”和政企分开。
1984年12月30日
在黑龙江省富裕县恢复达斡尔族满族柯尔克孜族友谊乡建制，五家子村同时成为柯尔克孜族民族村。这是黑龙江省唯一的柯尔克孜族民族村。
1984年
经自治区批准，自治州四县都列入“三北”防护林二期工程计划内。
1985年3月
新疆喀什地区塔什库尔干塔吉克自治县境内成立科克雅尔柯尔克孜民族乡。
1985年6月
新疆阿克苏地区乌什县成立亚曼苏柯尔克孜民族乡。
1985年8月23日
北京时间20时40分自治州乌恰县北纬39°东经75°附近发生7.4级强烈地震。
1985年9月12日
凌晨4时46分，乌恰县又发生一次6.9级强烈地震。
1985年9月15日
参加自治区30周年庆祝活动的全国文联代表团来自治州参加慰问；中央代表团艺术团来自治州慰问演出；中央民族歌舞团同时到达阿图什。
1985年9月
国家民委民族问题五种丛书之一的《克孜勒苏柯尔克孜自治州概括》一书由新疆人民出版社发行。
1985年
开始在牧区逐步实行将牲畜折价归户，卖给牧户。
1986年1月20-26日
自治区南疆片“双扶”（扶持贫困户﹑扶持优待对象）工作座谈会在阿图什召开，研究讨论喀什﹑和田﹑克孜勒苏三地州脱贫致富问题。
1986年2月
经国务院批准，自治州境内的图鲁嘎尔特山口和托云口岸正式更名为塔尔尕特山口和吐尔尕特口岸。
1986年6月7日
经国务院批准，撤销阿图什县，以其行政区域建立阿图什市，仍为县级建制。
1986年7月10日
乌恰新县城建设破土动工。
1986年8月17日
地处天山深处的阿合奇县电视卫星地面接受获得成功。
1986年8月29日
自治州电视台卫星地面接受站落成开通。
1986年9月15日
地处帕米尔高原的乌恰县卫星地面接受站建成开通。
1986年9月
该月起至1988年3月，全州非甲非乙型肝炎流行。
1986年10月14日
阿图什市召开第一届人民代表大会，宣告阿图什市正式成立。
1986年11月5日
自治州召开文学艺术工作者第一次代表大会。自治州文联成立。
1986年11月
阿图什市被国务院列为对外开放城市。
1987年6月1日
阿克陶县塔尔塔吉克族乡成立。
1987年7月26日-29日
自治区语言文字工作委员会﹑自治区柯尔克孜语言文字历史学会和自治州人民政府在乌恰县玉其塔什草原举行首届柯尔克孜语言文字研讨会和柯尔克孜阿肯弹唱会。
1987年10月11日
乌恰县新县城建设竣工，县城搬迁工作开始。
1988年3月26日
国家专利局授予自治州技校柯尔克孜族教员吐达洪于米西研制成功的用于烤馕灶的液化石油燃烧器国家发明专利权，这是全疆第一位获得国家专利权的少数民族发明人。
1988年7月
自治州人民政府确定对外开放12个旅游点，它们是：苏里堂麻扎、卡拉汗王朝遗址、玉奇莫日晚千佛洞、丝绸之路盖孜驿站、卡拉库里湖、慕士塔格峰、公格尔峰和公格尔九别峰、奥伊塔克风景区、玉其塔什草原、阿图什市工贸市场、州民族托儿所、阿孜汗无花果园。
1989年5月11日
自治州州长率领中国新疆克孜勒苏州经济贸易考察团一行7人赴吉尔吉斯加盟共和国进行考察访问。期间，中苏双方签订阿图什市、纳伦市结为友好城市，克孜勒苏州、奥什州结为友好州的协议书。
