1989年7月25日
苏联吉尔吉斯加盟共和国能源部长一行4人到自治州进行实地考察访问，主要就苏向自治州输送电力资源的线路架设以及工程费用、电价等具体问题进一步的磋商。
1989年9月20-25日
新疆自治区第二届少数民族传统运动会在阿图什举行。
1989年10月12-17日
苏联吉尔吉斯加盟共和国最高苏维埃主席为首的吉尔吉斯经济贸易代表团一行7人来自治州访问，双方就经济合作事宜进行洽谈，共签订了82万瑞士法郎的经贸合同。
1989年10月
乌恰县举行新县城落成典礼，同时举行“乌恰抗震纪念碑”建成揭幕仪式。
1990年2月
自治州名优果品“木纳格葡萄”250吨出口销往巴基斯坦，为国家创汇9万多美元。
1990年4月5日
阿克陶县巴仁乡发生反革命武装暴乱。
1990年4月
阿克陶县自动电话装置安装调试完毕，投入使用。至此，自治州三县一市已全部结束使用手摇电话机的历史。
1990年12月25-28日
中国首届《玛纳斯》史诗学术研讨会在乌鲁木齐举行。
1991年9月28日
自治州邮电局举行国内长途自动直拨入网设备开通典礼，阿图什市长途电话与全国757个市﹑县可以使用直拨电话通话。
1992年2月18日
自治州首次派出由柯尔克孜﹑维吾尔﹑汉族演职员组成的克孜勒苏代表队参加在云南昆明举办的第三届中国艺术节。
1992年3月16日
由94人组成的吉尔吉斯斯坦首批旅游购物团经吐尔尕特口岸来到阿图什进行民间贸易。
1992年4月1日
由自治州供销社开办的阿图什商场在吉尔吉斯斯坦纳伦市正式开业，这是中国在中亚地区开办的首家独资商业企业。
1992年8月5-9日
自治区首届《玛纳斯》演唱会在阿合奇县举行。来自天山南北的30名玛纳斯奇以不同的变体﹑不同的风格演唱了《玛纳斯》片段。
1992年9月1日
吉尔吉斯斯坦第一副总统率领的吉尔吉斯代表团与新疆克孜勒苏自治州乌恰县代表团举行经贸洽谈。
1992年9月28日
中吉合作建设的第一个项目-吐尔尕特口岸万伏输电工程竣工典礼在吐尔尕特口岸举行。
1992年10月5日
中国红十字会支援吉尔吉斯斯坦地震灾区的救援物资由吐尔尕特口岸出境运往吉尔吉斯斯坦。
1992年10月15日
以中国新疆艺术团的名义赴吉尔吉斯斯坦巡回演出的自治州歌舞团完成任务返回阿图什。
1992年12月8日
自治州首次向吉尔吉斯斯坦出口粮食，首批面粉70吨经吐尔尕特口岸出口。
1992年12月28日
自治州与吉尔吉斯斯坦奥什州结为好友州。
1993年4月20日
吉尔吉斯斯坦帕米尔路桥公司承包的伊尔克什坦口岸至乌恰县城路段建设工程开工。
1993年6月12-18日
吉尔吉斯斯坦国家民间艺术团一行41人抵达阿图什，对自治州进行访问演出。
1993年7月10日
自治区口岸建设重点项目伊尔克什坦-吐尔尕特口岸建设工程破土动工。开工奠基仪式在乌恰县巴音库鲁提乡托帕举行。
1993年7月15日
阿图什市综合贸易市场建成投入使用。
1993年9月
自治州有史以来第一部县志《阿合奇县志》出版。
1993年12月
阿图什市共有98家工商个体户走出国门前往中亚诸国经商。
1994年1月5-14日
全国妇联“中国﹑加拿大项目办公室”在自治州举行一期市场经济实用技术培训班，全州有近200名农牧区妇女及基层妇女干部参加学习。
1994年1月30日
自治区将阿图什市列为“世界银行贷款第二个贫困地区基础教育发展项目县（市）”，确定贴息贷款110万美元（折合人民币957万元），还款期20年，项目分5年完成。
1994年5月20日
自治州邮电局安装的阿图什市4000门程控交换机正式开通。
1994年8月3-5日
自治区1994年国际式﹑自由式﹑古典式摔跤比赛在阿图什市举行。
1994年8月23-25日
自治州举行第一届少数民族传统体育运动会。
1994年8月24日
自治州成立40周年庆祝大会在阿图什市举行，当晚，阿图什市举行了有史以来第一次焰火晚会。
1994年9月26-29日
中国首届《玛纳斯》史诗国际学术研讨会在乌鲁木齐举行。
1995年5月30日
阿合奇县1000门程控电话开通，进入阿克苏本地网。至此，全州三县一市全部实现电话程控化。
1995年6月2日
中国《玛纳斯》研究会在乌鲁木齐成宣告成立，历时10年的《玛纳斯》史诗居素普·玛玛依唱本柯尔克孜文8部18卷出版完成。
1995年8月20日
自治区从吉尔吉斯斯坦引进655只“阿莱羊”种羊，从伊尔克什坦口岸进入自治州境内，分配给自治州230只。
1995年8月
乌恰县人民政府组织12名柯尔克孜族女绣工手工绣制了一副长5米、宽4米的“纪念玛纳斯1000周年”壁挂。壁挂上绣着首都北京天安门城楼的闪光图案，还绣着有横刀立马的玛纳斯以及居素普玛玛依等着名《玛纳斯》演唱者的肖像。这幅壁挂作为礼物赠送给吉尔吉斯斯坦“玛纳斯1000周年”纪念大会。
1995年10月5日
中央艺术团一行39人抵达自治州进行慰问演出。
1995年11月1日
吐尔尕特口岸下迁工作完成，正式开通运营。
1995年11月
自治州优质木纳格葡萄在中国农业博览会上荣获金奖。
1997年7月14日
自治州客运公司举行中吉国际旅客直达班车开业典礼。阿图什至比什凯克、阿图什至纳伦国际旅客直达班车正式通车。
1997年7月21日
伊尔克什坦口岸开通试运行。
1997年11月1-5日
应自治州邀请，吉尔吉斯斯坦奥什州州长来访。
1998年2月
阿图什市开通公共交通车。
1998年4月
我国柯尔克孜族第一部百科全书《中国柯尔克孜族百科全书》由新疆人民出版社出版。该书由自治州史志办、州民宗委编辑，贺继宏、张汉光主编，全书约3200个条目，105万字。
1998年5月28日
阿合奇县玉山古西灌溉发电枢纽工程竣工投入试运行，阿合奇县结束了无电的历史。
1998年6月29日
中国新疆克孜勒苏文艺代表团应邀赴吉尔吉斯斯坦巡回演出。
1998年9月10日
自治州《玛纳斯》史诗研讨暨庆祝居素普·玛玛依80寿辰大会在阿图什市召开。
1998年10月6-7日
铁道部第二勘测设计院、乌铁局专家来自治州实地察看南疆铁路西延段，即中-吉-乌国际铁路的路线、走向。该铁路起点为南疆铁路终点，终点为乌兹别克斯坦安集延市，是连接中国、吉尔吉斯斯坦、乌兹别克斯坦三国至中东、南欧的一条国际铁路，建成后将成为欧亚大陆重要的南部通道。
1998年11月14-23日
康苏-乌鲁克恰提公路工程竣工通车。这是自治州通往伊尔克什坦口岸的公路。
1999年4月2日
南疆铁路铺轨至阿图什火车站。
1999年4月21-24日
自治州各地连续遭受近70小时8～12级大风袭击。
1999年5月1日
自治区党委、人民政府决定授予吴登云“民族团结模范”称号。
1999年5月25日
国道314至阿图什火车站公路动工，这是自治州第一条高标准水泥公路。
1999年7月下旬至8月3日
自治州境内各地降水量创历史最高值，致使全州各地出现50年以来罕见的全流域性洪水灾害。
1999年9月
《克孜勒苏柯尔克孜自治州城镇职工基本医疗保险制度改革实施方案》正式颁布实施。
1999年9月28日
阿图什市调频广播正式开播。
1999年9月30日
自治州大型柯尔克孜族民俗歌舞乐《山父水母》应邀请进京参加中华人民共和国成立50周年优秀剧目汇演。
1999年12月6日
南疆铁路全线贯通。南疆铁路全长1446.372公里，东起吐鲁番，西至喀什市，在克州境内全长91千米。
2000年3月27日
乌恰至上海远程医疗与教育系统正式开通，这是自治区内唯一一家开通远程医疗与教育系统的县级医院。
2000年6月30日
被命名为国家二类口岸的阿图什西域商贸中心举行挂牌揭幕暨开通仪式。
2000年7月
国家文化部命名阿合奇县色帕巴依乡为“中国文化艺术之乡”。
2000年8月
柯尔克孜族大型歌舞乐《山父水母》荣获国家文化部第九届文华奖。
2000年10月1日
全州三县一市开始推行城镇职工医疗制度改革。
2000年12月31日
“目送20世纪最后一缕阳光”大型主题活动在乌恰县斯姆哈纳村举行。
2002年5月20日
伊尔克什坦口岸建成，正式对外开放。
2002年10月1日
国家投资3000余万元建造的自治州文化中心建成。
2002年11月15日
自治州政府公众信息网“帕米尔之窗”开通。
2004年7月1日
投资23000万元的自治州综合体育场建成。
2004年9月8日
庆祝克孜勒苏柯尔克孜自治州成立50周年大会在阿图什人民广场举行。
2007年6月30日-7月2日
自治州首届“玛纳斯国际文化旅游节”分别在阿图什、阿合奇、乌恰举行。
2007年7月
由中国社会科学院民族文学所、自治州人民政府联合召开的《玛纳斯》史诗歌手表彰大会，暨新疆维吾尔自治区哈萨克、柯尔克孜文学刊物第八届“骏马奖”在阿合奇县举行。
2009年10月9日
中国的《玛纳斯》史诗被联合国教科文组织列入人类口头与非物质文化遗产名录。
2009年12月
《玛纳斯》第一部汉文版全4卷正式出版。
