京方的足利幕府，能够最终取得南北争乱的胜利，很大程度上得益于足利义诠对在乡武士和各地守护的妥协让步。正平七年（北朝文和元年，1352年），足利尊氏以其子义诠的名义发布了《半济法》，即允许守护以征收“兵粮米”为名，获取属于公家、贵族和寺社庄园年贡总数的1/2。这一政策最早在近江、美浓和尾张三国执行，足利义诠当政时逐渐扩大到北朝所控制的所有领地。
根据这一法令，各国守护得以加强对领内庄园的控制，能够更有效地把庄园武士征召从军，同时更有效地把在乡武士团结在自己身边，军事实力逐步增强。正是靠着这一点，京方军队才在义诠和义满时代不断取得辉煌战果，最终把南朝逼得无路可走，只好乖乖交出神器，让出政权。
当然，这种庄园经济向守护的领国经济转化的趋势，强化的只是作为整体的京方，而非足利幕府本身，这柄双刃剑在消灭了“朝敌”以后，反过来也砍向足利幕府将军，这却是尊氏、义诠两代都根本无法预料的。到了足利义满时代，很多家族身兼数国守护，军事力和政治影响力都足以威胁幕府统治，义满费尽毕生心力，也终究无法彻底解决这一问题。
且说这位足利义满将军，倒也算是一代雄主，他继任幕府将军的时候年仅11岁，掌握实权的乃是执事细川赖之。细川氏本是足利氏的同族，细川俊氏生公赖、赖贞兄弟，赖贞有三子，其一就是前文提到过的大名鼎鼎的细川定禅，公赖也有三子，并为足利尊氏麾下大将，是为细川和氏、细川师氏和细川赖春——细川赖之是赖春之子。
正平十六年（北朝康安元年，1361年），由于受到佐佐木高氏（道誉）的挑拨，细川和氏之子清氏投降南朝，随即杀入京都，迫使足利义诠和后光严天皇逃往近江。次年（公元1362年）七月，细川赖之在赞岐白峰城大败细川清氏——清氏或许就殁于是役，总之从此消失了踪影。赖之因有战功，节节攀升，最终成为幕府执事，并且足利义诠临终前，也把年幼的儿子义满托付给于他。
足利义满前期的对南朝战争，基本上都是细川赖之指挥。他先是任命今川贞世（了俊）为九州探题，贞世在大内义弘的协助下，打败菊池武朝等南朝武将，基本控制住了九州的局面。其后，细川赖之诱降楠木正仪，随即以正仪为先锋，以弟细川赖元为总大将，突袭南朝的天野行宫，将南朝军队主力消灭殆尽。
细川赖之最强有力的政治对手是斯波高经之子斯波义将。斯波高经原本是直义派武将，后跟随足利义诠，因此义将一度出任幕府执事，当时的斯波一门权势熏天，这就引起了有“婆娑罗大名”（此处的“婆娑罗”，指特异而华丽的穿着）之称的佐佐木高氏的愤恨。在高氏的谗言中伤下，正平二十一年（北朝贞治五年，1366年），足利义诠解除义将的执事职务，随即发兵讨伐斯波父子——是为“贞治之变”。斯波父子逃往北陆，不久高经病死，义将复归幕府。
此后，斯波义将讨平占据越中的南朝名将桃井直常，势力逐渐恢复。到了天授四年（北朝永和四年，1378年），细川赖元等进攻南朝的领地和泉、纪伊，遭到惨败，随即代其为将的斯波派山名氏清、山名义理却成功攻取上述两国。从此细川赖之的声望大跌，于次年（公元1379年）闰四月被赶下了台。斯波义将再任执事，发兵讨伐细川赖之。
其实细川赖之的去职，并非仅仅因为斯波派的打击，主要原因在于将军足利义满已经成年了。义满亟待摆脱细川氏的阴影，树立自己的权威，把幕政完全掌握在自己手中。执事斯波义将的能力和威望都不如细川赖之，从此义满就可以放开手脚，进行政治改革了。
一方面，足利义满继续打击南朝的势力，并最终完成了南北统一，另一方面，他想尽办法提高将军家的威信的实力，压制在长年混战中日益庞大的地方势力。可以说，如果没有足利义满执着不懈的努力，或许南北朝的乱世还将无休无止地延续下去，而足利将军家将只是北朝诸侯们名义上的盟主，室町幕府根本就无法被称为一个完整意义上的武士政权。
明德之乱
天授四年（北朝永和四年，1378年），幕府将军足利义满在京都的室町地方修建了一所华丽的宅邸，因为院中遍植花卉，人称“花之御所”——这就是足利幕府又被称为室町幕府的缘由。
元中九年（北朝明德三年，1392年），南朝体面地交出神器，结束分裂局面，是基于以下四个条件：一、后龟山天皇向北朝后小松天皇让渡三种神器，其仪式不是投降，而是授予；二、今后的皇位仍由持明院和大觉寺两统交替继承；三、诸国国衙由大觉寺统管理；四、长讲堂领由持明院统管理。
条件非常优越，今后两统不要再抢着当天皇，大家仍然有份，并且就算你暂时没能轮上，也还有自己的领地，不愁吃穿。既然面子有了，里子也有了，势穷力蹙的南朝又有什么理由不答应呢？
然而，足利幕府最终却并没有兑现自己的承诺。到了应永十九年（公元1412年），后小松天皇让位给年仅12岁的东宫实仁亲王，是为称光天皇。16年后，称光天皇去世，没有子嗣，于是大觉寺统的小仓宫谋为天皇，因为得不到幕府允准而遁往伊势，在大名北畠满雅的支持下举兵叛乱。最终叛乱被平定，持明院统的彦仁亲王被拥上宝座，是为后花园天皇。大觉寺统从此就与皇位无缘了，此后的历代天皇都属于北朝光严、崇光天皇的嫡系后代。
后话暂且不提，且说足利义满的所谓“治世”。本来京方早有机会吞灭南朝，偏偏京方内部纷争不休，各国守护日益坐大，时常发动叛乱，威胁幕府统治，甚至一个搞不好还倒向南朝，导致局势瞬间扭转。足利义满毕生都在和这些守护势力作斗争。
首先是元中七年（北朝明德元年，1390年）的“土岐氏之乱”。土岐氏出自源氏，一门总领土岐赖远曾任美浓守护，因为冲撞了光严院的御车而被足利直义下令斩首。但是赖远本人功勋卓著，因此在他被处刑后，诸将求情，幕府允许其侄赖康继承家业。到了足利义满时代，土岐赖康拥有美浓、尾张、伊势三国守护职，声威煊赫，这当然会引起义满的警惕。
土岐赖康没有儿子，就抚养侄子康行和满贞作为继承人，等他死后，年长的康行成为一门总领。土岐满贞心怀不满，就向足利义满进谗言说康行有谋反的企图，正中义满下怀，于是下诏讨伐土岐康行。
可惜足利义满并没有一举将浓、尾、势三国吞下的胃口，战争的结果，只是勒令土岐康行将美浓守护职交给其叔父赖忠，把土岐氏一分为二，暂时遏止了其势力的发展而已。
第二年（公元1391年），拥有七国守护职、在四国和山阳道都举足轻重的细川势力卷土重来，斯波义将被迫辞去执事，让给细川赖之的养子细川赖元。这是当年四月的事情，十二月就爆发了“明德之乱”。
“明德之乱”的主角是山名氏。山名氏本是新田氏的分支，但他们没有追随新田义贞，而是跟了足利尊氏，屡立战功，到了山名时义当家的时候，全族执有丹波、丹后、因幡、伯耆、美作、但马、出云、隐岐、备后、和泉、纪伊等11国守护职，因为全日本才不过66国，故此人们都尊称山名时义为“六分之一殿”。
