1956年，李约瑟SCC第2卷《科学思想史》出版。第2卷的内容主要有：导言，儒家与儒家思想，道家与道家思想，墨家和名家，法家，中国科学的基本观念，伪科学和怀疑主义传统，佛教思想，晋唐道家和宋代理学家，宋明时代的唯心主义者及中国本土的自然主义的最后几位杰出人物，中国和西方的人间法律和自然法则等。
李约瑟对中国古文明一见倾心，对于中国文化自有一种欣赏、迷恋以至于“皈依”，所以在卷首，他便引用英国著名哲学家伯特兰·罗素的一段话：
我认为，假如我们打算在世界上生活得更安适，那末我们就必须在思想中不仅承认亚洲在政治方面的平等，也要承认亚洲在文化方面的平等。我不知道，这种事将引起什么变化，但是我确信，这些变化将具有极其深刻和极其重要的意义。
以此，李约瑟表达了他对东西方文明所持的平等态度，而不是居高临下对中国文化进行审视。
第2卷与第1卷一样，是深入具体学科发展之前的一些经济、文化、思想背景的介绍。卷首“作者的话”中，他指出这卷主要介绍中国古代科学思想和思维方式，它与古希腊和中世纪欧洲科学思想之间的差异。强调了中国哲学中固有的有机论特点及其发展。这卷的主线是如何鉴别、吸收并发扬光大中国科学、文明的财富，中国各个时期中各个哲学流派对科技发展所起的作用。
导言中，李约瑟对中国古代各学派一一作了评判。这些学派的历史可以追溯到春秋战国时期。那时，诸侯割据，烽烟四起，社会动荡不安。这种形势下，各诸侯为完成霸业，招纳宾客无数，以礼贤下士为荣。这些才子们自由论争，各抒其富国强兵主张，形成儒、道、墨、名、法、理等等诸子百家学说，在思想文化领域形成“百家争鸣”的学术风气。导言对各家学派依次评判，是全书的一个概括。
从科学史的角度评判儒家思想。李约瑟认为，儒家思想重理性，反对迷信以及超自然形式的宗教。轻鬼神反迷信，就指出自然界的可知性与因果关系，有利于自然科学的发展；但同时，儒家思想推崇治国平天下的人类社会生活，忽略了非人类的自然现象，宣扬“劳心者治人，劳力者治于人”。轻视劳动技术，这就对自然科学的发展起了阻碍作用。综合这两种倾向，儒家总体上是阻碍了科技的发展，所以李约瑟对儒家评价很低。
李约瑟对道家思想情有独钟，用大量篇幅来论述。他认为道家思想的主要来源有两个：一是战国时的哲学家。他们身处乱世，看破仕途沧海桑田的变化，因此远离尘世。退隐山林，抛开人类之间的问题，观察自然界生生不息的变化规律及其秩序，寻求个人与自然的统一。二是来源于古代的“巫”和“方土”。古代的巫师无所不晓，通天文、地理，知道自然界无穷变幻，是当时的哲学家。他们借鬼神而披上了神秘的宗教色彩，这样哲学与宗教在道教中达到了和谐与统一。
李约瑟是这样总结道家思想的，他认为道家思想具有以下特点：
1、批驳了那种认为道家阻碍科技发展的传统观点。他认为，道家基于对长生不死的追求，大肆炼丹制药，又偶然发明火药开了世界近代化学、矿物学、植物学、动物学和药物学的先河。
2、道教中的“道”，代表了大自然的秩序。道家对于自然的猜想与洞察，它对于事物变化的普遍性认识，发展了中国科技思想。
3、道家主张人人平等。他们攻击封建制度，他们的科学思想与民主思想相结合。
4、道家的炼丹、制药需要脑力劳动与体力劳动相结合，体现为有知识的人参与具体的手工劳动，这点也是道家促进科技发展的一个因素。
5、道家的不足之处在于没有建立理性与逻辑体系，因而其科学思想没有得到理论上的发展。
因此，李约瑟指出道家思想是宗教的、诗意的、方术的、科学的、民主的，在政治上是革命的。可以说，最早地揭示老庄思想和科学的联系也是李约瑟的主要功绩之一。
法家主张以封建官僚国家来代替封建体制，倡导集权主义，专制残酷近于法西斯。当秦朝推行法家思想以治国，仅仅两代便被汉朝所代替后，法家宣告失败。
墨家是崇尚侠义的军事和平主义者。其学说的中心是兼爱和非攻。他们宣扬和平，但以军事武装自己，随时准备扶弱锄强。而他们的筑城及防御技术实践，客观上推动了科学技术的发展。
在“中国科学的基本观念”一章中，李约瑟提出并论述了中国传统的“阴阳”、“五行”学说，以及《易经》的哲学思想。阴代表黑暗、软弱、女性、夜晚等等，阳代表光明、强壮、男性、白天等等。阴和阳是“实在的”既独立而又相克相成的两个方面。由它们之间的完美与和谐滋长出自然界的微妙理论。“五行”说也是论及一种相生相克的过程。“阴阳”、“五行”说2000年来对中国政治、社会、科技等方面产生了深远的影响，对中国科学思想的发展有一定的积极作用。这章中，李约瑟还对《易经》中的基本概念及哲学思想作了解释，指出《易经》对中国化学和数学等学科产生了重大的影响。
这卷中，李约瑟指出了中国古代传统中的伪科学。他指出龟卜、蓍筮、《易经》爻卦的应用以及占星、择日、算命、堪舆、相术、占梦及拆字等项占卜都为伪科学。李约瑟认为汉代的王充是中国“怀疑论”学说的代表人物。
在“佛教思想”一章中，李约瑟指出佛教主要是关于日月运行的哲学。佛家的“成”、“住”、“坏”、“定”，是一种关于宇宙循环“轮回说”。灾难过后，海洋与陆地颠倒过来，世界处于混沌状态，然后再度分化为正常的世界。关于动物“化身”与“转世”的学说更出于佛家思想。李约瑟在肯定佛教思想对中国科学所作贡献的同时，指出佛家思想因其对现实人生的逃避，而极大阻碍了科学的发展。
这卷书中，李约瑟对宋代理学家朱熹思想的研究，在整个思想界产生了极大反响。
在阐述他的思想之前，先对当时的哲学背景作一番介绍。
二三十年代科技界流行两种哲学思想：其中一派持传统的“机械论”，他们认为宇宙中一切现象都可以用原子和机械学来解释。另一派是流行的怀特海的“有机体哲学”。怀特海是从事形而上学的美国哲学家、数学家。20世纪初科学界一度出现停滞，用传统的机械论和还原法使科学研究陷入困境。这时，怀特海提出一种“过程哲学”。他认为，世界是由机体组成，机体是活动的，活动是一个创造的过程。要把握这一切，就必须从整体上来研究机体的结构、个性和相互关系。哲学也应以机体为对象，研究其生成、变化和发展的机制。
在剑桥同样有两种流派。一派持机械论，其代表是由卢瑟福领导的卡文迪许实验室；另一派是由霍普金斯领导的生物化学室，他们主张新活力论。与怀特海一样，认为生物不能单靠机械学解释，有一种活力使生物能够决定或控制自己的行动。
李约瑟自己是剑桥大学霍普金斯的追随者，他在SCC第2卷中分析指出有机论自然观的历史渊源是中国的理学，同时也发展了他的有机论哲学。
首先他分析了宋代理学家朱熹的思想体系，朱熹以理（组织）和气（物质——能）的概念，来解释自然论的宇宙观。他继承了《周易》中的有机论哲学思想，又能把儒、道、释思想融会贯通，建立了自然有机体的“普通模型”。而理学的最高深的观念便是由无极而太极，无极本是太极。它里面蕴含的哲学思想是：整个宇宙是一种有机的统一体，而事实上也是单个的有机体。
在SCC第2卷中，李约瑟还对这种“有机论自然观”作了如下阐释。
1、它类似于现代科学所引发的整合的层面学说。根本不是二元的，而是整体的。也就是说中国的哲学家已避免了“甲或非甲”的概念。比如中国的阴阳，宇宙间这两种力量可以用波动模型来表示，阳达到顶点时，阴处于低谷，但这两种力量也仅仅在一瞬间占有优势。之后，二者立即进行缓慢的转化、交替。阴中有阳，阳中有阴。
2、他分析了这种理论与辩证唯物论的相似之处，亦与当代怀特海哲学相通。
3、他认为现代欧洲科学思想的发展，得力于中国的“有机自然论”。欧洲学者一旦推翻机械唯物论，建立有机论，科学界就出现一个飞跃，进入了达尔文、菲理沙尔、巴斯德、斯柏曼、普朗克和爱因斯坦的时代。而西方有机论哲学的建立，李约瑟由怀特海追溯到恩格斯、黑格尔，由恩格斯、黑格尔追溯到莱布尼兹，从莱布尼兹则追溯到了中国的朱熹。即现代欧洲自然科学的哲学基础，归根结底，是受到中国传统哲学的影响。
4、欧洲人的精神分裂，是由于许多世纪以来，思想观念摇摆于神学的唯心论和机械唯物论之间不能达到平衡。而中国文化正由于其有机的统一性，所以没有出现这种情况。
李约瑟认为朱熹完成了儒、道、释思想的融会贯通，堪称中国思想史上最伟大的人物。在世界范围内，与西方的亚里土多德、斯宾诺沙、莱布尼兹争辉。
SCC第2卷出版之后，国际上出现了研究中国传统文化的热潮，一个新的科学革命即将到来。
后来，李约瑟又发表演说强调：中国文化、中国传统、中国社会的精神气质等诸多方面，将对日后指引人类世界做出十分重要的贡献。人类也只能按照东方——中国见解行事，才能对付科学与技术的潘多拉盒子。
