正史的说法（或者说清廷的说法）是真太子被李自成杀了；另一种说法是太子不知所踪。对于第一种说法，明末著名历史学家谈迁在他的《北游录》中有这样一段记载：
先太子被胁东出师，劳惫，薨于三河。其后入燕、入金陵，俱伪也。如果太子更入燕，何为？岂仍有千秋之望哉！必不然矣！此不过狂少年失计，图一饱终身耳。（标点符号系本人友情提供）
说这段话的人是崇祯内侍赵璞。赵璞大概是一个太微不足道的人物了，在史料中竟没有找到关于他的只言片语。只知道在明朝亡国后，他出家做了和尚，上面这段话大概是他对于曾经皇宫的唯一印象吧。
他这段话的意思是说太子被李自成胁迫出师，由于疲于奔命而死在三河县。后来出现在北京和南京的太子都是假的。他还给出了他的理由：太子再次回北京干什么？难道还真要恢复大明王朝？还做着中兴大明的美梦吗？肯定不会是这样的。他最后给这件事定了一个基调：只不过是一个二百五图个吃饱穿暖发癫而已。
赵璞的理由看上去很有道理，而且非常契合逻辑，然而这些都是赵璞一个人的猜测，并没有其他资料来对他的话进行佐证。
《北游录》的作者谈迁，是一个非常严谨、非常执着的历史学家。他执着到什么程度？他曾花费若干年时间搜罗资料、分析筛选、甄别之后，写成了著作——《国榷》。这本书可以说是《明实录》的实录，也是对明实录不实的地方做出的修正和补充。很遗憾，这套著作并没有出版，原因有二：一是因为谈迁实在是穷的叮当响，没有自费出版的能力；另一个是这本书里写了许多皇家讳言之事，放在当时言论相当不自由的清代，敢说真话真的是一件比较要命的事儿。这还不算，这套书最初完稿后，曾被小偷尽数偷走，差点儿就自信心毁灭的谈迁一咬牙一跺脚又花了四年时间重新写了出来，毅力可见一斑。
哦，忘了说了，《国榷》这本书五百万字。
对于赵璞的言论，谈迁只是如实记录下来，却没有做任何的评论，不置可否。这是一个比较怪异的举动，毕竟历史评论家写历史更多的是要表达自己的观点，著名图书《资治通鉴》的作者司马光就这么干过。这说明谈迁对这个说法并不赞同。我们很难判断赵璞是不是被清廷洗过脑，因为后来官方出版的《明史》也采信了这个说法。鉴于清朝有乱改史料的优良传统，赵璞的说法可信度非常值得考证。
对于第二种——太子不知所踪，发生的概率很大。李自成从北京出逃的惨状和当年刘备长坂坡相差无几，保住自己就不错了，老婆孩子爱谁谁吧。太子朱慈烺借这个机会得以逃出生天。
从不知所踪到1644年底突然出现在北京之前的这段时间，关于太子朱慈烺的历史记录是空白的。我们无从得知这段时间太子去了哪里、经历了什么，也正是朱慈烺销声匿迹的这段时间，让清廷和南明都坐立不安的真假太子和朱三太子像雨后春笋一样层出不穷。
赝品满天飞的时代终于到来了，这是一个猪都能吹上天的风口。
周奎虽然没有接纳太子朱慈烺，但是接纳了另一个人。这个人身有残疾（断了一只手臂），刚到周奎家的时候身体极度虚弱，这个人叫朱媺娖，人称长平公主。
这里事先为长平公主声明一下：长平公主没有拜师尼姑，没有绝世武功，没有收吕四娘做关门弟子，没有刺杀康熙的壮举，也没有传授韦小宝脚底抹油的功夫，更没有遇见袁督师的公子上演国恨家仇夜闯禁宫之惊世虐恋。
说到底，她只是一个乱世飘零的女子，一个生逢乱世、家破人亡的可怜人。
1644年11月，周奎府上来了一位少年男子，要见长平公主。已经万念俱灰的公主与此少年一见面，两人抱头痛哭，这个举动可以很明确的得到一个结论：长平公主与少年相识。明朝灭亡时，长平公主十五岁，而且刚刚定了亲。作为皇室公主，自然不会认识什么风流才子，她认识的男人里，除了崇祯，就只有自己的兄弟（太监不算）。所以可以肯定这个少年与公主交情匪浅。更让人感到疑惑的是另外一句“举家行君臣礼”。在我国古代，行君臣大礼的要么是皇帝，要么是储君。
临走之前，长平公主给了他一件锦袍，并再三叮嘱他，以后不要再来了。这一来一去，整个京城都知道周奎家有崇祯太子，太子还没死，明朝百姓和遗臣顿时兴高采烈。当少年第二次出现在周奎家的时候，周奎和少年之间有了这样一段对话：
周奎：你不能再说自己姓朱了，要跟别人说你姓刘。
少年：我乃崇祯皇帝太子，岂能姓别的姓氏。
周奎：别人问你做什么，要说自己一介书生，来说书明理，才能避免杀头之祸。
少年言辞拒绝。
作为太子朱慈烺的亲外祖父，周奎干了一件为人不齿的事：奎不敢隐，遂执送官。对于周奎前后态度的转变让太子的真实身份变得更加朦胧。
无论这个少年是不是太子，他都丧失了唯一活命的机会。
明太子突然出现在北京的消息对于清廷来说无疑是晴天霹雳。于是清朝官员们找到长平公主，让她再次确认这个少年的身份。公主再次见到他顷刻之间又泪如雨下，周奎抬起这个少年的面颊，公主顿时惊慌失措，连说这个不是太子。主审官员直接疯了，感情出于心是真，但嘴上又说是假。
为了彻底搞清楚崇祯太子的问题，在多尔衮的授意下，清廷派出了极其豪华的观光团，其中包括晋王、原宫内官、原侍太子的羽林卫等若干人。羽林卫一见到太子，齐齐跪下说“这是真太子”。内官太监的说法则是有真有假。这少年也是见过大世面的人，看到这个情形，晓得是逃不掉了，跟他们说了这样一番话：
我来视公主，非有他图。今为奎叔侄所卖，真与伪等死耳，何必辨！
崇祯十七年的太子，也只是一个十五岁的孩子。
不但看穿了清廷对于这件事的处理意向，还直接把话说了出来，摆明说自己不怕死，一个十几岁年纪的孩子竟能够视死如归，可敬可叹。刑部主事钱凤览感动了，上书要求复审，同时为了加强火力，还拉上了晋王朱求桂、原太子师傅谢陞和冯铨廷一起当堂对质。三个人的态度开始很坚决，一口咬定是假太子，这时这位少年喊道“谢先生，曾在某殿讲书言事，你都忘了吗？”谢陞终于装不下去了，深深作揖之后退在一旁保持沉默，不再说话。
把这一切都看在眼里的钱凤览面对晋王朱求桂坚持假太子一说不由得怒火中烧，呵斥朱求桂和谢陞枉为人臣。比钱凤览还要激动的是围观审案的人民群众，大家一看太子受了委屈，纷纷表示愿意一命换一命，在朝廷中，太子的身份也成为口耳相传的八卦，甚至有人将谢陞的府邸团团围住，自己提着干粮、倒着班的骂他是禽兽。
事情到了这个份上，多尔衮也不得不亲自出马了，在强权政治导向中，事情开始脱离正常逻辑控制的方向，向残暴的方向发展。
