（二）甘肃马化龙之响应陕西回教徒不惯清季吏治之腐败，反抗仇回之洗剿，乃起兵抗清。于是各地回教徒以同声相应，同气相求，马化龙树帜于金积堡；马桂源、马本源起兵于西宁；白彦虎聚众于渭南。人强气锐，屡挫清兵。马化龙继穆大阿衡之后而为回民掌教，智勇英武，为众所拥戴。回人陷宁夏后即迎之人城。时马彦龙、马占鳌亦起兵于河州，攻陷狄道。回教徒势焰大盛。同治六年六月，清廷乃命左宗棠总督陕甘，带钦差大臣印，率湘淮两军之精锐，西上平回。七年十月，左宗棠入西安，立南北中三路平定之策。北路由绥德取道花马池，直捣金积堡，以刘松山当之。南路由泰州趋巩昌，讨河狄之回教徒，以周开锡当之。中路由左宗棠亲率刘典诸军，尽驱陕西回教徒人甘肃以缩小战区范围。
十二月，刘松山至绥德，攻大理川、小理川之营垒，戮杀回教徒八千余，所向皆捷。同治八年八月，刘松山之军已进灵州。马化龙数度与刘战，皆败北。崔三、马正彦欲与南方河州之回教徒，会合援马化龙，然为官兵所知，追击扑杀千五百人。灵州终为刘松山所克服。马化龙犹冀崔三等之救援，伪降数次而不为官方所纳。十二月，回军以一支队陷定边，绝刘松山之粮道，然卒为官军所击退。九年正月，刘松山攻马五之寨，飞弹忽中左乳，负重伤而死。其从子刘锦棠代之。九月平金积堡之寨，继而各堡皆陷。十一月马化龙亲诣刘锦棠之营请罪，欲以身缓同教之刑。十年正月，刘锦棠诘马化龙父子以北口与洋人通商，不肯实供，乃并诛之。陕甘之回变乃遂渐平息，独白彦虎西出玉门关，而参与回疆之役。
十同治间回疆之役
（一）妥明之变陕西回变起时，有阿衡妥明（即妥得璘）者，贫无业，乘乱由西宁潜出关，至乌垣寓参赞索焕章家。索即前甘州提督回人索文之子。素蓄异志，得妥明，推为掌教，以师事之。同治三年春，都统平瑞檄各县加征民粮。绥来、奇台二县不应，惟迪化州应之。州役马全、马八倚势苛索。汉人愤甚，团结以抗。马全等纠回民以备之。六月，奇台汉人以回人形势可惧，乃与回民决斗。适又有库车之回教徒马漋等，聚众推黑山宗之和卓为领袖，屡败官兵。都统平瑞亦自喀喇沙尔败归。索焕章遂乘机起事。嗾南关回人乘夜入焚汉城，提督匿索家，仰药死。索焕章乃推妥明为清真王，自为大元帅，进围平瑞于满城，断绝粮道。九月满城陷，平瑞自焚，官民殉难万余人。索复分兵占领各地，东路之阜康、济木萨、古城、奇台，西路之昌吉、呼图壁、绥来等皆为所并。山南之吐鲁番、哈密亦附于妥明。妥明白建王城于乌垣城外。索之母屡责焕章倡乱，促其反正，为妥明所觉，降索为散目，使居吐鲁番，旋即病死。妥明之称王也，总元帅马升之力居多，同治七年恶其专权，嗾元帅马官杀之。自是妥明之势骤衰，后败于阿古柏，死于绥来，地为阿所占领。
（二）阿古柏之入据回疆阿古柏为浩罕张格尔子布素鲁克之部将。同治四年二月人喀什，新回皆欢迎之。越十四月而占有西部四城。六年，阿古柏攻灭阿布都拉门而并有叶尔羌。西部一切军政大权皆为其掌握。布素鲁克坐享其成，沉溺于声色之中。于是二人龃龉日甚。后阿古柏迫布素鲁克朝觐天方，自立为汗。同治十年，阿古柏进攻妥明于王城，妥明大败，遁于绥来，旋即病死。于是乌垣、昌吉、呼图壁、绥来皆为阿古柏所有。阿乃移都阿克苏。十二年，白彦虎率数千人自西宁出窜。闰六月至哈密，攻陷回王城，清兵进剿，则向西走人吐鲁番而投于阿古柏。阿古柏纳之，令助守天山北路乌垣一带，于是阿古柏势力骤增。
（三）左宗棠之戡定回疆朝廷中有欲割南疆一带授与阿古柏以为藩属者。独左宗棠力排众议，主张收复失地，且引为己任。时慈禧太后秉政，韪左氏之议，而授以西征军务大权，实行剿抚兼施之政策。其进兵计划分为两步：第一步专剿北路白彦虎；第二步进迫南路阿古柏。北路白彦虎屯大兵于古牧城。光绪二年六月，刘锦棠进围古牧，而刘金守备极严，仓卒不能下。刘锦棠乃筑垒困之，增建炮台，高出城堞丈余，架大炮轰之。二十八日清军夺缺口，蜂拥而人古牧。白彦虎原踞红庙子，往来卡子沟，以未人城，幸免。阿古柏闻北路已败，乃力筑防御工事。三年三月朔，清军分三路并进，先后克复达坂、托克逊、吐鲁番三城，南路门户洞开，不难一鼓荡平。阿古柏知大势已去，事不可为，乃服毒死。白彦虎亦率众屡败而退人俄境。
此役延至十四年之久，纵横数千里之地，人民死亡极众。回汉受祸之惨，闻之令人酸鼻。人类之自相残杀，莫有甚于此者。呜呼！惨矣！
十一云南之役
道光末，云南永昌各属回汉每因小忿而起械斗。官吏昏庸，处理不当。回绅杜文秀等愤其不公，诉于京师。二十八年，林则徐来督云南，秉公办理，旋则平靖。咸丰五年，临安府之回教徒与汉人因争矿工而发生冲突，控于官，郡首崔治中决判不公允。见回人势强则任回人以杀汉，见汉人势强，则嗾汉人以灭回。临安汉人乃纠集党羽，意图报复，凡广通、罗川、禄丰等处回教徒不分良莠，劫杀殆尽。狡黠之徒暗中煽动，谣言回民谋叛，于是四处纷乱，人各自危。时黄璋练团，与巡抚舒兴阿秘议，饬各府州县，聚团杀回。横直洗灭八百余里，天地为之阴暗。余回教徒，世家云南，先祖父傅家传曾于族谱中述当时惨状颇详，先祖母亲历其境，事后犹不时历数蒙难经过。兹略述之，以见回教被戮之惨。回教徒素强悍而有团结心。每至回、汉间小忿，回人终占胜势，即官厅亦莫可如何。官民痛恨入骨，后乃密议，至绝灭之而后已。各处乃暗中调查名户，呈报省垣，然后同时事发，按户格杀无论。余家大祖母及叔祖一人姑母三人，均闻讯阖家服毒殉难，以免为贼人所掠淫。时先祖父游宦于外，得免于难，而先祖母乃率伯父本仁从兄守先四处避难，以留傅氏一线生命，时余父尚未生也。先祖母目睹省垣遍地尸体，血流成渠，而中途一子一孙亦复失散，乃思以家破人亡，留生何益，遂投井中。奈井中满溺妇女，水浅未获捐命，后为邻人所救起。此种残酷现象几遍全滇。于是回民相率揭竿而起以抗政府。其口号为“不要江山，不夺社稷，为亲复仇”。马金保、蓝平贵起于姚州；杜文秀起于蒙化；马世德据临安；马和、马贵占澂江；马连升得曲靖。马如龙自建水进省；马荣自寻甸人省，时呈贡、普宁、宜良、江川等县均已入回民之手，而杜文秀陷大理，势尤浩大。时回教学者马德新，字复初，朝觐归国，年高德望，为回人所拥戴，即王位，人省垣，与马如龙等挟制督抚，政令由己。而杜文秀在大理置百官，盖宫殿，分封诸将，自号苏勒檀苏里曼（译言苏里曼大王），以阿拉伯文传檄天下，未几全滇克服。
时代理布政使岑毓英阴险奸猾，以甘言厚币，诱马如龙变。未几而回教徒亦起内讧。先是杜文秀举兵时专赖马先之名望，一切军事参画悉听之。及占大理，遂不听计于马先。咸丰九年，马先以五万回入围省垣，后忽转附于云贵总督张亮基，以马如龙为总兵，使率回兵建功。同治二年正月，马如龙部下有马荣者，不听命于如龙，立志为教亲复仇，率兵三千，突人省城，屯于五华山。署总督潘铎谕使解散，不听，其徒遂刺杀潘。岑毓英乃使马如龙援省城。二月，马尽逐城内之回教徒，马荣出走南荣，省城遂未陷。迤东虽已肃清，然迤西（大理一带）仍为杜文秀所据，久不能下，滇省大半仍在回教徒之手中。
同治七年正月，回教徒之势力复盛，富民、安宁、昆阳、呈兴等县相继陷，拥众三十六万人。省垣西南北三面受围。总督张凯嵩以病免，巡抚刘岳昭为总督，岑毓英为巡抚，共在曲靖。有回教领袖马添顺据寻甸，与杜文秀相呼应，省城交通遂塞。楚将李家福通粮道，参将杨玉科由四川人，克复武定、大姚诸县，省城得保。马如龙、刘岳昭当寻甸，八年五月克，至八月省垣之围解。省垣附近之回教徒悉人于土堆。岑毓英、马如龙分兵收服附近之州县。合湘、滇之军以攻土堆，九月刘岳昭又复昆阳，省城肘腋之患遂除。十月围蒙化，破马街土城，逼近大理。迤南惟澂江、新兴未下。九年二月，岑毓英亲攻激江；马如龙攻新兴；杨玉科攻姚州。新兴、姚州先后被复，而岑兵三面围绕激江，经年而不能下。十年二月进围竹园，不克，三月，回教徒遂放火自焚，无一降者。各城均先后为官兵所克，回教徒所据者，至是仅有大理、永昌、顺宁三郡；蒙化、腾越二厅；云、赵、永平、云南四县而已。
同治十七年杨玉科次第克复永昌、永平、云南、蒙化、赵州。大理之屏藩尽失。杜文秀御之，不利。十一月，杨玉科以地雷轰土城，扑杀回教徒二千余人。杜乃率亲信出战，复被击退。后杜之部将蔡廷栋叛。杜以大势已去，服毒殉死。杨玉科乃枭其首，送之省城。十二月，岑毓英亲至大理，又杀杜之三子一女及杨荣等百三十余人，城内无辜回教徒死伤者万余人。回教领袖马德新，时年逾八旬，亦被处死。同治十二年二月以后，官兵继续克复顺宁、云州，回民之役，始告平靖，而回教徒经此重创，一蹶不振，元气伤失，今犹未复也。
十二忠于清廷之回教武人
回教徒对于清代之征伐蒙古、苗、缅、白莲、大理等役，有功勋者亦复不少，而以马进良、哈国兴、哈元生、许世亨、许文谟、马新贻、马联海、马如龙诸人为尤着。兹略述其身世如下：
（一）马进良西宁人。字栋宇。技勇过人。尝从讨吴三桂，积功累擢古北口总兵。从征噶尔丹有功，进提督。以老乞归。卒谥襄毅。
（二）哈攀龙河间人。乾隆武进士。以总兵从征金川。任举阵亡，攀龙督兵力战，夺其尸回。层克碉卡，战功甚着。官至贵州提督。
（三）哈国兴攀龙之子国兴，亦乾隆武进士。乾隆三十二年五月明瑞以云贵总督兼征缅将军，进赴永昌。不战而克木邦，至蛮结，敌军二万，立十六栅以待。哈国兴等三路登山俯薄之，直逼其垒。不久即拔其栅，连破三垒。惟当大军临险，马牛乏刍，敌复焚积空寨，使无可掠。缅军知清军粮尽，即悉众来迫。清军且战且行，而明瑞、观音保、哈国兴，亦更番殿后，日行不过三十里。明瑞等行至小猛育地方，观音保以遗矢刺喉死，明瑞亦以身负重伤，虑落敌首，遂自缢。惟哈国兴得免于难。三十四年四月，经略傅恒至永昌议进兵之路，决以水陆三道并进。哈国兴将水兵；阿里衮、阿桂将陆兵，分趋两岸。哈国兴率舟师乘上风蹴之，敌舟自相撞击，杀溺数千，河水为赤。时阿桂亦连破西岸各栅。于是三路大捷。会傅恒及阿里衮病，诸将议不进兵。后缅亦遣人乞和。哈国兴乃往会其渠帅，责以进表纳贡，而缅人欲索还其木邦等三土司，议未决，而缅将眇旺模左顾而去。哈国兴乃单骑人其栅，与定议而还。于是清军乃班师回朝。后哈因积功官至西安提督。又曾从阿桂等征小金川，连克贡噶山路、顶宗及喀木色尔，僧格桑遁，哈获其父泽旺。小金川底定。卒谥壮武。
（四）哈元生河间人。雍正间以守备随征贵州诸苗，积功官至贵州提督。进《新辟苗疆图志》。世宗召见赐宴，以元生为回教徒，乃别具特羊之餐。十年十一年间贵州台拱之九股苗屡起滋事，为提督哈元生所破。十三年春，苗疆以征粮不善，发生变动，陷黄平、清平诸州县。会副将冯茂诱杀降苗六百余，头目三十余，苗族抵抗之志益坚，或手刃妻女而后出战，蔓延不复可制。六月诏发滇、蜀、楚、粤六省兵会剿，特授哈元生扬威将军湖广提督，以董芳副之。七月，又命刑部尚书张照为抚定苗疆大臣，察其利病。董芳专主招抚，与哈元生龃龉。张照又密奏改流非策，且致书诸将，倡弃地之议而元生与董芳乃划界分兵，文移辩论，致清军久旷无功。会弘历即位，乃以张广泗为七省经略，尽罢哈元生等治罪。寻给副将衔，赴西路，卒于军。
（五）许世亨成都人。由行伍从征金川、台湾有功，官至广西提督。乾隆五十三年十月，许世亨与孙士毅率两广兵一万出广南关，出剿安南王京。时土兵义勇随行，声言大军数十万。于安南各守隘兵望风犇遁。十九日，清军全部薄富良江，敌尽伐沿江树木，敛舟对岸以拒。清兵见其结阵不整，知无固志，乃觅远岸小舟，载兵百余，夜至江心，夺其战舰一，遂载兵二百余，许世亨亲率之渡江。分捣敌营，大败之。人河内，复国王黎维祈位。阮光平击之，世亨令别将护士毅人镇南关。亲率将弁力战。阵亡。赠壮烈伯，谥昭毅。其子许文谟，以武举袭伯爵。嘉庆间随德楞泰剿教匪，迫贼于梁山忠州一带。转战湖北、四川。官至福建水师提督。助剿海盗蔡牵，有功。卒谥壮勇。
（六）马新贻菏泽人。字谷三。道光进士。以知县发安徽。精力过人，尤练达吏事。积功官至两江总督。后为张汶祥所刺卒。谥端敏。
